Maria Theresa mong muốn các con của mình đều phải kết hôn chính trị. Vì vậy, bà cho tất cả con gái mình đính hôn ở nhiều nước Châu Âu. Maria Theresa muốn con gái thứ tư của mình, Nữ Đại Công tước Maria Amalia kết hôn với con trai của Charles III, Vua Ferdinand III của Sicilia và Napoli; nhưng Charles khồng đồng ý hôn nhân Amalia lớn hơn Ferdinand 5 tuổi. Vì Johanna chỉ hơn Ferdinand một tuổi, cô được hứa hôn với Ferdinand năm 12 tuổi.[5]

Vào giữa thế kỉ 18, bệnh đậu mùa tàn phá Đế quốc La Mã Thần thánh. Leopold Mozart, cha của Wolfgang Amadeus Mozart, đã viết rằng "toàn bộ Viên, không có gì được nói đến ngoại trừ bệnh đậu mùa. Nếu 10 đứa trẻ bị bệnh thì 9 đứa trong số chúng sẽ chết vì bệnh đậu mùa."[6] Anh trai của Johanna là Karl Joseph chết vì bệnh đậu mùa năm 1761. Vào tháng 12 năm 1762, Johanna mắc bệnh và qua đời vào ngày 23 tháng 12; cái chết đau đớn của cô đã được miêu tả bởi Isabella, người chị dâu xứ Parma của cô.[7] Mẹ cô, Maria Theresia đã tìm thấy niềm an ủi khi trước khi qua đời, Johanna đã thú nhận hoàn toàn tội lỗi của mình với một linh mục Công giáo. Đối với Maria Christina, chị gái của Johanna, cô nói: "Em gái của tôi đã thú nhận tội lỗi của mình trong 3/4 giờ, em nói chính xác, ăn năn và tận tâm khiến người rửa tội của em ấy rơi nước mắt; kể từ đó, em ấy rất yếu. Tôi không thể làm gì. Cảm ơn Chúa đủ yêu thương vì Ngài đã ban cho tôi niềm an ủi này; Tôi trao cho em ấy mọi thứ vào tay Ngài và mong rằng số phận của em sẽ hạnh phúc hơn."[7]

Việc cô qua đời vì bệnh đậu mùa, Maria Theresa đã quyết định cùng với các thành viên khác tiêm các thành viên nhỏ tuổi hơn trong gia đình vào tháng 9 năm 1768 để, và sau đó chấp nhận việc cấy bệnh đậu mùa ở Áo.[7]